V rámci poskytovaného nadstandardu je žákům nabízena v rámci konzultačních hodin, případně po dohodě s vyučujícím, možnost prohloubení svých znalostí. Děje se tak většinou při přípravě na soutěže a olympiády. Nezřídka využívají tzv. doplňkové hodiny žáci, kteří zaznamenali vyšší absenci při výuce, případně když učivo hned napoprvé nepochopili. Učitelé jim vychází vstříc před zahájením nebo po ukončení výuky. Obdobně je věnována pozornost žákům - cizincům a žákům se speciálními potřebami pro vzdělávání. Na výsledcích studia se účast na doplňkových hodinách a konzultacích pozitivně projevuje, což svědčí o dobrém postupu ze strany gymnázia.

Studenti s dlouhodobými zdravotními obtížemi mohou díky specifické úpravě zvládnout studium na našem gymnáziu. V minulosti na škole úspěšně studovali žáci s II. stupněm zdravotního postižení. Mohou zde studovat i tělesně postižení s poruchou hybnosti, čehož v současné době využívá jeden žák. Veškeré prostory školy jsou pro něho přístupné, majitel budovy - MČ Troja - nechal vystavět plošiny do vyšších pater budovy. V přízemí se nachází 4 kmenové učebny, jazyková učebna, univerzální laboratoř pro přírodní vědy, kancelář zástupce ředitelky, šatny, sociální zařízení a školní jídelna. Trojské gymnázium využívá dále I. patro, zde jsou zbývající 4 kmenové učebny, učebna informační a výpočetní techniky, aula, kancelář vedení školy, školní knihovna a sociální zařízení. Sportovní hala má dva vstupy, spojovací chodbou na přízemí se tělesně postižené osoby dostanou k dalšímu bezbariérovému schodišti a následně do velké tělocvičny.

Kromě standardní průběžné přípravy na maturitní zkoušky (žáci gymnázia volí nejčastěji anglický nebo německý jazyk, z 80 % jeho vyšší úroveň) připravují učitelé v rámci nepovinného předmětu své svěřence na zkoušky s dosažením mezinárodních certifikátů. V anglickém jazyce to jsou certifikáty CEFLA a TEFL, v německém jazyce je to zkouška ZDF.